Es ist belegbar, dass eine Orgel bereits auf der Westempore des Magdeburger Domes stand, als im Westen des Domes "sub turribus - unter der großen Orgel" die Ernstkapelle eingerichtet wurde: im Jahre 1498.
Weitere, bedeutende Instrumente folgten an dieser Stelle, von Compenius (1605), Reubke (1865) und Röver (1906); Letzteres wurde im Frühjahr 1945 im Kriege zerstört. Die Orgelgalerie blieb daraufhin 60 Jahre leer.
Nach mehreren Jahren Bau-, Montage- und Intonationszeit konnte endlich im Mai 2008 die neue Orgel, die über 92 Register auf 4 Manualen und Pedal verfügt, fertiggestellt und eingeweiht werden. Sie ist ein Werk der Firma Schuke Orgelbau, Werder an der Havel. Da die neobarocke Orgel der gleichen Firma aus dem Jahre 1970 im Nordquerhaus des Domes im Dom bleibt und weiterhin ihren Dienst tut, konnte das neue Werk als rein romantisch-sinfonisches Instrument konzipiert werden, ohne dass angestrebt wurde, einem spezifischen Stil nachzueifern.
So ist es gelungen, einen grundtönigen, singenden, warmen Klang ganz eigener Prägung zu erzeugen.