Magdebourg, centre de la Réforme

L’anticléricalisme ambiant atteint son maximum, tandis qu’une partie du Conseil est encline à suivre la Réforme de Martin Luther. Le maire Nicolaus Sturm fait venir Luther à Magdebourg. Le 26 juin Luther prêche en l’église St. Jean. La même année, les messes catholiques sont interdites et Magdebourg se convertit au protestantisme. Seuls le chapitre de la cathédrale, la collégiale St. Sebastian, les églises St. Nicolai et St. Gangolphi, ainsi que les cloîtres des franciscains et dominicains restent fidèles au catholicisme.
Martin Luther envoie Nicolas d’Amsdorf à Magdebourg. Ce dernier aménage l’ancien cloître augustinien en une école municipale, qui jouit d’un grand prestige.

Le cloître augustinien devient propriété du Conseil. Le cloître fermé, sa bibliothèque passe sous l’administration de la ville qui en fait sa première bibliothèque municipale.

Magdebourg adhère à la Ligue de Smalkalde, une union militaire de princes protestants allemands qui défend la Réforme et combat la Ligue de Dessau formée en 1526. La Ligue de Dessau est une formation de princes catholiques ; l’archevêque Albrecht de Magdebourg en était l’un des fondateurs.

Magdebourg est frappée de proscription impériale car la ville refuse de se soumettre à l’Empereur. Elle est alors considérée comme un espace refuge pour les protestants.

La diète impériale promulgue l’Intérim d’Augsbourg. Magdebourg est la seule ville à défier la tentative de faire reconnaître le catholicisme comme seule vraie confession. Magdebourg devient le centre de la résistance à l’Intérim. De nombreux partisans de la Réforme viennent y trouver refuge, comme Flacius Illyrius, l’un des principaux contestataires de l’Intérim. Même Erasmus Alberus vient à Magdebourg. De nombreux pamphlets sont imprimés et Magdebourg est surnommée "Unseres Herrgotts Kanzlei" (bureau de notre Seigneur).
Une épidémie de peste fait 2.500 victimes

L’empereur Ferdinand Ier lève la proscription impériale qui pèse sur Magdebourg.

Siegfried Sack célèbre la première messe protestante en la cathédrale de Magdebourg.

Otto von Guericke, maire, inventeur et diplomate, naît à Magdebourg.