Am Karfreitag des 20. Aprils 1207, zerstörte ein Feuer den Großteil der Stadt Magdeburg, darunter den Dom, die Nordkirche und die Kaiserpfalz. Der 18. Erzbischof von Magdeburg Albrecht I. von Käfernburg ließ die Ruinen der bedeutenden Kathedrale abreißen und einen neuen Dom errichten, wobei Steine und Säulen des alten Doms wieder verwendet wurden. Der Wiederaufbau begann im Jahre 1209, zwei Jahre nach dem verheerenden Brand.
Der Bau der Kathedrale dauerte über 300 Jahre vom Baubeginn 1209 bis zur Vollendung der Türme um 1520. Der Dom hat eine Gesamtinnenlänge von 120 m und eine Deckenhöhe von 32 m. Die Türme sind 99,25 m (Südturm) und 104 m (Nordturm) hoch.

Der Magdeburger Dom wurde im Zweiten Weltkrieg schwer beschädigt. Am 16. Januar 1945 traf eine Bombe den Dom, beschädigte die Westfassade und zerstörte die Orgel. Zum Glück konnte das Feuer rechtzeitig gelöscht werden, so dass der Dachstuhl weitgehend intakt blieb. 1955 wurde der Dom wieder eröffnet und eine kleinere Orgel gebaut. Seit Mai 2008 verfügt der Magdebuger Dom wieder über eine Hauptorgel auf der Westempore. Die Orgel ist die größte Orgel in Sachsen-Anhalt. Das neue Instrument im Magdeburger Dom verkörpert die Konzeption einer klassischen sinfonischen Orgel mit musikalischer Ausrichtung auf deutsche und französische Orgelmusik. Sie enthält ein aus der mitteldeutschen Tradition heraus geprägtes warmes und prächtiges Plenum, das in eine gewachsene sinfonische Breite und Fülle übergeht und in allen Werken durch französische Klangfarben bereichert wird.
Obwohl der Dom mehrmals geplündert und fast zerstört wurde, birgt er immer noch sehr viele Kunstschätze wie unter anderen das Grab des Kaisers Otto I.

Schirmherrschaft
Die Schirmherren des Domjubiläums sind Dr. Lutz Trümper, Oberbürgermeister der Landeshauptstadt Magdeburg und Michael Seils, Superintendent des Evangelischen Kirchenkreises Magdeburg.